De senaste åren har Sjöfartsverket tillförts flera tidsbegränsade tillskott i anslag från staten. Bland annat har de fått kompensation för minskade avgiftsintänkter på grund av pandemin, tillskott i tre år för att skapa en fossilfri flotta och medel till totalförsvarsuppbyggnaden i fyra år. De har också fått ett tillfälligt anslag för 2022 på 220 miljoner samt 300 miljoner genom klimatkompensation för åren 2023 och 2024.