Fartygstrafikens utsläpp av avloppsvatten på Östersjön svarar för en ytterst liten del av den totala miljöbelastningen, men saknar ingalunda betydelse. Detta slår forskningscentralen VTT i Finland fast i en undersökning. Avloppsvatten från fartyg svarar för 0,04 procent av de totala kväveutsläppen och 0,3 procent av de totala fosforutsläppen i Östersjön. Näringsämnena i avloppsvattnet har emellertid en sammansättning som huvudsakligen är biologiskt användbar för algerna och dess betydelse för övergödningen är därför inte försumbar. Fartygens avgaser svarar för sex procent av det totala kvävenedfallet i Östersjön. Den största näringsbelastningen i Östersjöområdet kommer från jordbrukets avrinning och utsläpp av avloppsvatten i samhällena.