Den estniska regeringens expertkommission, tillsatt för utreda Estonias förlisning, presenterade sin delrapport den 22 mars. Den innehåller en analys av den internationella haverikommissionens (JAIC:s) svar på kommissionens rapport från mars 2006. På grund av den analysen utesluter kommissionen explosionsteorin. Delrapporten pekar på några oklara omständigheter i haverikommissionens slutrapport och möjligheterna att få svar på frågor under pågående utredningar i Sverige. När det gäller dykningar på vraket säger kommissionen att en estnisk expert deltar i det svenska kriminaltekniska laboratoriets arbete och att svenska sjöfartsverket har löst Rockwaters dykare från tystnadsplikten, men att kommissionen ännu inte träffat dykarna.På regeringens presskonferens sade den estniske justitieministern Rein Lang att den estniska kommissionen i fortsättningen skall samarbeta med den svenska sidan. Samtidigt övervägs möjligheterna att intervjua Rockwaters dykare. Enligt Rein Lang finns inte Rockwater längre och de anställda bor i olika länder. Därför ser han det som en möjlighet att journalister kommer att söka upp och intervjua dykarna.Kommissionen som tillsatts av den estniska åklagarmyndigheten, säkerhetspolisen och försvarsministeriet ska lämna en ny rapport i oktober.