Kustbevakningens projekt Sjöbasis finns med i en granskning från riksrevisionen över statliga IT-projekt som överskridit budget. Upphandlingen av Sjöbasis skedde 2005 och budgeten var 29,6 miljoner. Vid utgången av 2009 hade myndigheten överskridit budgeten för projektet med hela 32 procent.Flera orsaker till den kraftiga fördyringen nämns, bland annat att det rådde brister i projektplanens realism, uppskattning av tid och resurskalkylering från både myndighetens sida och leverantörens sida.