Trots kraftigt höjda kostnader för helikopterberedskap och oförändrade anslag till fritidsbåtsverksamheten kan Sjöfartsverket redovisa en vinst efter finansiella poster på 38,2 miljoner kronor för 2006. Därmed betalar man 10,7 miljoner kronor i skattemotsvarighet till staten. Av resterande 27,5 miljoner går också en tredjedel tillbaka till staten i utdelning.Sedan den förra regeringen beslutat att helikopterberedskapen inte längre huvudsakligen skall finansieras över försvarsanslaget har Sjöfartsverkets kostnader ökat med 52 miljoner kronor 2006 till 100 miljoner kronor. För 2007 räknar man med en ytterligare kostnadshöjning på 49 miljoner kronor. Intäkterna har ökat genom ökad sjötrafik, uthyrning av isbrytare samt fler besiktningar av nya fartyg än beräknat.De totala intäkterna uppgick till 1,65 miljarder kronor 2006. Av detta var 138 miljoner (8 procent) statliga anslag. Resterande intäkter är externa och då huvudsakligen farledsavgifter och lotsningsavgifter som uppgick till 961 miljoner kronor respektive 354,9 miljoner kronor.