Sjöfarten påverkas inte i någon större utsträckning av klimatförändringarna. Det skriver Klimat- och sårbarhetsutredningen i sitt betänkande. En minskad förekomst av is är till och med positivt och man räknar med minskade isbrytningskostnader med 38–75 miljoner kronor per år från 2010 och framåt. Varmare väder kan dock leda till en ökning av extrema vindar. Däremot måste hamnarna, framförallt i Sydsverige planera för kraftigt ökat vattenstånd. Sjöfartsverket föreslås få i uppdrag att utreda risken för avstängning av hamnar och ge förslag på åtgärder. Slussen i Södertälje måste också byggas om och Vänern måste kunna tappas av i större utsträckning än idag.