Det estniska närings- och kommunikationsministeriet har från statens tilläggsbudget i år fått EEK 30 miljoner (EUR 1,92 miljoner) och ska även nästa år få EEK 30 miljoner i rederistöd. Ministeriet har bestämt att dela summan proportionellt mellan lastfartygsägarna och lastfartygsoperatörerna i internationell trafik genom att ersätta en viss del av de sociala avgifterna under åren 2006 och 2007. Stödet ersätter inte de sociala avgifterna för den tid som fartygen legat i docka eller varit upplagda.Endast 18 lastfartyg finns kvar i det estniska fartygsregistret och genom ersättningen för de sociala avgifterna hoppas ministeriet kunna stoppa utflaggningen. Estland förlorade den första färjan i sin passagerarflotta när Regina Baltica fick lettisk flagg i slutet av augusti, men det nya stödet gäller inte för passagerarflottan. Stödmodellen är delvis lik det lettiska nettolönesystemet, där också sjömäns inkomst beskattas från den dubbla minimilönesumman och uppåt. Även ombordanställda i passagerarflottan får nettolön.