EU-kommissionen misstänker att Maltas tonnageskatt är för generös och kan leda till att fartyg flaggas om från andra EU-länder, även de som har ett tonnageskattesystem, och kommer därför att genomföra en djuplodande undersökning.Malta har en väldigt bred tolkning av vilka som är berättigade att ingå i ett tonnageskattesystem. Här finns fiskefartyg, yachter, oljeborriggar, fartygsoperatörer utan egna fartyg samt finansiella institutioner och riskkapitalbolag.Enligt EU-kommissionen kan detta innebära att det finns tonnagebeskattade företag som inte har den konkurrensutsatthet som tonnageskatten ursprungligen skapades för och att tonnageskatten kan spridas till företags andra aktiviteter som inte har med sjöfart att göra.