Riksrevisionen har granskat Transportstyrelsens tillsynsverksamhet inom luftfart, sjöfart, väg och järnväg. Riksrevisionens bedömning är att det finns brister i styrningen som påverkat tillsynen negativt. Bland annat innebär en avsaknad av en övergripande prioriteringsmetod att Transportstyrelsen inte kan säkerställa att det är den tillsyn som ger mest nytta som genomförs.