I sin treårsplan för 2008–2010 flaggar Sjöfartsverket för att man måste minska personalstyrkan med ett 50-tal anställda. Orsaken är enligt verket att ekonomin för kärnverksamheten kraftigt försämrats. För 2008 räknar man med ett underskott på 194 miljoner kronor. För perioden finns en rationaliseringsplan på 112 miljoner kronor. Man räknar också med att staten kommer att ersätta verket för de ökade kostnader man fått för större delen av helikopterberedskapen. Verket hävdar att nio av tio insatser inte har med handelssjöfarten att göra. Samtidigt utgör de avgifter som handelssjöfarten betalar långt över 90 procent av Sjöfartsverkets intäkter. Av underskottet för 2008 står kostnadsökningarna för helikopterverksamheten för 90 miljoner kronor.