Rysslands regering har beslutat att öppna flodhamnen i Pskov och insjöhamnen i Storozhinets för internationell passagerar- och lasttrafik. Fartygstrafiken på de inre vattenvägarna mellan Estland och Ryssland stoppades 1992. Estland och Ryssland kom överens om att återuppta trafiken 1997 och slöt avtal om detta 2002. Den estniska sidan öppnade en station för pass- och tullkontroll vid mynningen av älven Emajõgi 2003, varefter samma sak väntades från den ryska sidan. Nyhetsbyrån BNS meddelar att Tartu hamn under en säsong kan ta emot 100.000 ton gods och 3.000 passagerare i denna trafik.