Under 2009 så planerar EU-kommissionen att sjösätta ett pilotprojekt för EUR 2 miljoner där ett frivilligt handelssystem med utsläppsrätter ska minska svavel- och kväveutsläppen i Östersjön. Fram till den sjunde augusti har medlemsstaterna och industrin möjlighet att inkomma med förslag på utformningen av pilotprojektet.EU-kommissionen ska också inkludera sjöfarten i det förberedande arbetet som genomförs i EU-kommissionen där man utreder möjligheterna att föra in ett handelssystem för SO2 och NOx i framtida lagstiftning. Under 2008 så initierade EU-kommissionen två studier, i den första undersöker man möjligheterna att etablera ett handelssystem med utsläppsrätter för kväveoxider och svaveldioxider mellan sjöfarten och landbaserad industri. Den andra studien utreder möjligheterna att kunna identifiera fartyg som släpper ut mer än de tillåtna nivåerna i områden som Östersjön, Nordsjön och Engelska Kanalen.